事業売却時の税金｜個人・法人の課税関係を解説

事業売却を検討する際に経営者が最も気にするのは、「手元にいくら残るのか」という点ではないでしょうか。売却対価がそのまま手取りになるわけではなく、売却スキームによって課される税金の種類と金額が大きく異なります。

中小企業のM&Aでは、株式譲渡と事業譲渡が代表的なスキームです。個人株主が株式を売却する場合と、法人として事業を譲渡する場合では、適用される税制がまったく異なり、手取り額に数百万円から数千万円の差が生じることもあります。本記事では、事業売却時に発生する税金について、スキーム別・主体別に整理します。

株式譲渡の課税関係

株式譲渡は、中小企業のM&Aで最も多く選ばれるスキームです。個人株主が株式を譲渡する場合と、法人株主が譲渡する場合で課税の仕組みが異なります。

個人株主の場合、株式の譲渡益は申告分離課税の対象となります。税率は所得税15.315%（復興特別所得税を含む）と住民税5%の合計20.315%です（租税特別措置法第37条の10）。譲渡益は「譲渡対価 - 取得費 - 譲渡費用」で計算されます。中小企業の創業者の場合、設立時の出資額が取得費となりますが、相続で取得した株式の場合は被相続人の取得費を引き継ぎます。

概算取得費の規定（所得税法第59条の2、所得税法施行令第169条）が適用されると、売却額の95%が譲渡益として課税されるため、設立時の出資金額を証明する書類は保管しておくことが重要です。

法人株主の場合、株式の譲渡損益は法人の通常の所得に含まれ、法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税の対象です。実効税率は約30%（資本金1億円以下の中小法人で、年800万円以下の所得に対する軽減税率を考慮すると、所得水準により23%から30%程度）です。

事業譲渡の課税関係

事業譲渡では、資産・負債を個別に譲渡するため、課税関係が複雑になります。

売り手法人には、譲渡した各資産の譲渡損益が計上されます。事業全体の対価から個別資産の帳簿価額を差し引いた差額が譲渡益となり、法人税等の課税対象です（法人税法第22条）。のれん（営業権）部分も譲渡益に含まれます。

消費税の取り扱いは資産の種類によって異なります。棚卸資産、建物、機械装置、器具備品、のれん（営業権）、ソフトウェアなどは課税資産の譲渡に該当し、消費税が課されます。一方、土地、有価証券、売掛金などの金銭債権は非課税または不課税です。事業譲渡の対価を一括で定めている場合は、合理的な方法で課税資産と非課税資産に対価を按分する必要があります（消費税法基本通達10-1-6）。

買い手法人は、取得した個別資産を時価で計上し、対価の総額との差額を資産調整勘定（のれんに相当）として計上します。この資産調整勘定は税務上5年間で均等に損金算入でき（法人税法第62条の8）、買い手にとって大きな税務メリットとなります。

退職金を活用した税負担の軽減策

中小企業のM&Aにおいて、税務上の手取りを最大化するために検討されるのが、株式譲渡前の役員退職金の支給です。

具体的な仕組みを見てみましょう。たとえば株式価値が1億円の会社を売却する場合、退職金を支給しない場合は1億円の譲渡対価に約20%が課税され、手取りは約8,000万円です。一方、3,000万円の退職金を支給した場合、会社の純資産は減少するため株式価値は7,000万円に下がりますが、退職金は退職所得控除と2分の1課税（所得税法第30条）の恩恵により税負担が軽くなります。

退職所得控除は、勤続20年以下の部分は1年あたり40万円、20年超の部分は1年あたり70万円です。たとえば勤続30年の場合、退職所得控除額は800万円+70万円x10年=1,500万円となり、3,000万円の退職金に対する課税退職所得金額は(3,000万円-1,500万円)x1/2=750万円です。

ただし、退職金の金額が不相当に高額な場合は、過大役員退職金として損金不算入となるリスクがあります（法人税法第36条）。一般的には「最終月額報酬 x 勤続年数 x 功績倍率」で算定される功績倍率法が用いられ、功績倍率は社長で3.0倍程度が目安とされています。

事業承継税制の活用

事業承継として親族や従業員に株式を譲渡する場合、事業承継税制（経営承継円滑化法に基づく特例措置）の活用も検討に値します。

特例承継計画を策定し、都道府県知事の認定を受けることで、贈与税・相続税の納税猶予を受けることができます。特例措置では、非上場株式等に係る贈与税・相続税の全額が猶予され、一定の要件を満たし続ければ最終的に免除されます（租税特別措置法第70条の7の5、第70条の7の6）。

ただし、この制度は第三者へのM&Aには適用されません。親族内承継や従業員承継を検討している場合の選択肢として位置づけられます。また、特例承継計画の提出期限は2026年3月31日までとなっているため、検討中の方は早めに認定経営革新等支援機関（税理士等）に相談することが重要です。

まとめ

スキーム別の税務処理の詳細はM&Aの税務ガイドで、売却手続き全体は中小企業のM&A手続きガイドで解説しています。

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