税務調査で修正申告を断ることはできる？応じる前に確認すること

税務調査が終わりに近づくと、調査官から「この部分は修正申告をお願いしたい」と言われることがあります。このとき、多くの経営者は断れるとは思わず、そのまま応じてしまうケースが少なくありません。

しかし、修正申告は納税者が自主的に行う申告行為です。調査官に求められたからといって、必ず応じなければならないわけではありません。本記事では、修正申告を断れる根拠、断った場合に何が起きるか、判断の分かれ目となるポイントを整理します。税務調査への事前準備については税務調査の事前準備チェックリストも参考にしてください。

修正申告は「断れる」のか

修正申告の法的位置づけ

修正申告とは、一度提出した申告書の内容に誤りや漏れがあった場合に、自ら訂正する手続きです（国税通則法第19条）。「自ら」という点が重要で、修正申告はあくまで納税者の意思に基づく行為です。

税務調査で指摘を受けた場合、調査官は「修正申告をしてください」と求めることができます。しかし、これは「勧奨」であり、命令ではありません。断ったからといって罰則があるわけではなく、断ること自体は適法です。

断った場合に起きること

修正申告を断ると、税務署側が職権で「更正処分」または「決定処分」を行います（国税通則法第24条・第25条）。更正処分は増額・減額どちらもあり得ますが、調査での指摘内容をもとに税額が増額されるケースがほとんどです。

更正処分を受けた場合と、修正申告に応じた場合の最大の違いは、不服申立ての可否にあります。

	修正申告に応じた場合	更正処分を受けた場合
税額の確定	申告時点で確定	処分通知時点で確定
不服申立て	原則できない	再調査の請求・審査請求・訴訟が可能
加算税	過少申告加算税（10%等）	過少申告加算税（10%等）
心証面	自主申告として扱われる	税務署が職権で更正

修正申告を断るべきケースと応じるべきケース

断ることを検討すべきケース

調査官の指摘内容に法的・事実的な根拠がないと思われる場合は、修正申告に応じる前に立ち止まるべきです。

指摘が税法の解釈や通達の適用に関するもので、複数の解釈が成り立つ場合は争う余地があります。たとえば、交際費と会議費の区分、役員退職金の適正額の判断、貸倒損失の計上時期など、税務判断が分かれやすい項目は不服申立てで納税者が勝つケースも実際にあります。

また、帳簿・証憑があるにもかかわらず調査官が見落としていた場合や、指摘された金額に計算ミスがある場合も、すぐに修正申告に応じるべきではありません。

応じた方が現実的なケース

一方で、指摘内容が明らかに事実に基づいており、帳簿・証憑も不足していて反論の余地がない場合は、修正申告に応じて早期解決を図ることが合理的です。

否認への対処法の全体像については税務調査で否認された場合の対処法で詳しく解説しています。

更正処分を受けて不服申立てをする場合は、時間・費用・精神的な負担がかかります。勝てる見込みが低い場合に争い続けることは、コストに見合わない結果になりやすいです。

更正処分への対応手順

修正申告を断った場合、更正処分を受けた後の手続きの流れは次のとおりです。

更正処分の通知書が届いてから3ヶ月以内に「再調査の請求」を税務署長に対して行うか、直接「審査請求」を国税不服審判所に提起します（国税通則法第75条）。審査請求の期限は処分を知った日の翌日から3ヶ月以内です。

審査請求の裁決に不服がある場合は、裁決書が送達された日の翌日から6ヶ月以内に行政訴訟（取消訴訟）を提起できます。

判断に迷ったら専門家に相談する

修正申告に応じるかどうかは、指摘の法的根拠、証拠の有無、争った場合のコストと勝算を総合的に判断する必要があります。この判断は専門的な知識を要するため、調査官に即答するのではなく、必ず税理士に相談してから決断してください。

顧問税理士がいる場合は、調査中からコミュニケーションを取り、指摘内容の妥当性を一緒に検討してもらうことが基本です。顧問税理士がいない場合や、税務調査対応の経験が豊富な専門家に相談したい場合は、調査専門のサービスを活用する選択肢もあります。

まとめ