事業譲渡と株式譲渡の違い｜手続き・税務・メリットデメリットを比較

M&Aで会社や事業を売却する際、その手法は大きく「事業譲渡」と「株式譲渡」に分かれます。どちらを選ぶかによって、手続きの煩雑さ、税金の負担額、従業員や取引先への影響が大きく変わるため、違いを正しく理解しておくことが重要です。

この記事では、事業譲渡と株式譲渡の違いを手続き・税務・メリットデメリットの観点から整理します。中小企業の経営者がM&Aの手法を選択する際の判断基準と、実務上の注意点も取り上げました。自社の状況に合った手法を見極める参考にしてください。

事業譲渡と株式譲渡の基本

事業譲渡と株式譲渡は、どちらもM&Aの代表的な手法です。しかし、その法的性質は根本的に異なります。まずはそれぞれの基本的な仕組みを確認しましょう。

事業譲渡とは（会社法第467条）

事業譲渡とは、会社が営む事業の全部または一部を、他の会社に譲渡する取引です。会社法第467条に定められた行為であり、事業の重要な一部を譲渡する場合には株主総会の特別決議が必要になります。

ここでいう「事業」とは、単なる資産の寄せ集めではありません。判例（最高裁昭和40年9月22日判決）では、一定の営業目的のために組織化され、有機的一体として機能する財産の全部または重要な一部を譲渡することと解されています。設備や在庫といった有形資産に加え、取引先との関係、ノウハウ、のれん（営業権）なども含まれるのが通常です。

事業譲渡は「個別承継」の形式をとります。つまり、譲渡の対象となる資産・負債・契約を一つひとつ特定し、個別に移転手続きを行う必要があるのです。不動産であれば所有権移転登記、取引先との契約であれば契約の再締結が必要になります。

株式譲渡とは

株式譲渡とは、会社の株主が保有する株式を買い手に譲渡する取引です。株式の所有権が移転することにより、買い手は対象会社の経営権を取得します。会社そのものの法人格はそのまま存続し、会社が保有する資産・負債・契約関係もすべてそのまま引き継がれます。

株式譲渡は「包括承継」に近い効果があります。株式の売買という一つの取引で、会社の全資産・全負債が実質的に移転するため、事業譲渡と比べて手続きがシンプルです。非上場の中小企業では、定款で株式の譲渡制限が設けられているのが一般的であるため、取締役会（または株主総会）の承認が必要となります（会社法第136条〜第145条）。

株式譲渡における売り手は「株主個人」です。法人である会社自体が売り手になるのではなく、あくまで株主が自身の保有株式を売却する点が事業譲渡との大きな違いとなります。

根本的な違い：「資産を売る」か「会社を売る」か

事業譲渡と株式譲渡の根本的な違いは、「何を売るか」にあります。

事業譲渡は「資産を売る」取引です。会社が保有する事業用資産、取引先との契約、従業員との雇用関係などを、選別した上で個別に買い手に移転します。売り手の会社自体は存続するため、譲渡後も法人として活動を続けることが可能です。

一方、株式譲渡は「会社を売る」取引です。株主が保有する株式を買い手に渡すことで、会社の所有者が変わります。会社の法人格や資産・負債はそのまま維持されるため、外部から見れば経営者が変わっただけに映ることもあるでしょう。

この違いは、手続きの煩雑さ、税務上の取り扱い、従業員や取引先への影響など、あらゆる面に波及します。以下のセクションで、それぞれの違いを具体的に見ていきましょう。

手続きの違いを比較する

M&Aの手法を選ぶ際、手続きの複雑さは重要な判断材料です。事業譲渡と株式譲渡では、必要な手続きが大きく異なります。

事業譲渡に必要な手続き

事業譲渡では、以下のような手続きが必要です。

取締役会決議・株主総会特別決議が最初のステップになります。事業の全部を譲渡する場合、または事業の重要な一部を譲渡する場合には、株主総会の特別決議（議決権の過半数を有する株主が出席し、出席株主の議決権の3分の2以上の賛成）が求められます（会社法第467条、第309条第2項第11号）。

個別の資産移転手続きが最も手間のかかる部分です。不動産の所有権移転登記、自動車の名義変更、リース契約の承継手続き、知的財産権の移転登録など、対象資産ごとに個別の移転手続きが発生します。

取引先との契約の再締結も必要です。事業譲渡では、取引先との契約が自動的に買い手に移転しません。買い手が改めて取引先と契約を締結する必要があるため、取引先の同意を得るプロセスが生じます。

従業員との労働契約の再締結も欠かせない手続きです。後述しますが、事業譲渡では雇用関係が自動承継されないため、買い手と従業員の間で新たな労働契約を締結する必要があります。

許認可の再取得が必要になるケースも多くあります。許認可は原則として法人に帰属するため、事業譲渡では買い手が新たに許認可を取得しなければなりません。建設業許可、飲食店営業許可、宅地建物取引業免許など、業種によっては取得に時間を要します。

株式譲渡に必要な手続き

株式譲渡の手続きは、事業譲渡と比較して格段にシンプルです。

譲渡承認手続きとして、譲渡制限株式の場合は、取締役会決議（取締役会非設置会社の場合は株主総会普通決議）で株式譲渡の承認を得ます（会社法第139条）。

株式譲渡契約の締結が取引の中心となります。売り手（株主）と買い手の間で、株式の譲渡に関する契約を締結します。譲渡価格、表明保証、補償条項などを定めた契約書を作成するのが通常です。

株主名簿の書換えを行い、新しい株主を会社の記録に反映させます（会社法第130条）。

役員変更登記として、必要に応じて代表取締役や取締役の変更登記を法務局に申請します。

株式譲渡の場合、会社の資産・負債・契約関係はそのまま存続するため、個別の資産移転手続きは不要です。許認可もそのまま維持され、従業員との雇用関係も継続します。この手続きのシンプルさが、中小企業のM&Aで株式譲渡が選ばれやすい理由の一つです。

手続きの複雑さと所要期間

手続きの複雑さは、M&Aの所要期間にも影響を与えます。

株式譲渡の場合、交渉開始から成約まで3〜6か月程度で完了するケースが一般的です。個別資産の移転手続きが不要であるため、比較的短期間で完結します。

事業譲渡の場合は、個別資産の移転手続きや取引先との契約再締結に時間を要するため、株式譲渡よりも長期化する傾向があります。対象資産が多い場合や許認可の再取得が必要な場合には、さらに期間が延びるでしょう。事前に譲渡対象の資産・契約を一覧化し、必要な手続きを洗い出しておくことが重要です。

税務上の違い

事業譲渡と株式譲渡では、課税の仕組みが根本的に異なります。売り手の手取り額に直結する問題であるため、正確な理解が欠かせません。

事業譲渡の税務（法人税・消費税）

事業譲渡の売り手は「法人」です。譲渡益は法人の所得として、法人税・地方法人税・事業税・住民税の課税対象となります。

法人税の実効税率は、中小法人（資本金1億円以下）の場合、所得800万円以下の部分が約24%、800万円超の部分が約34%です（法人税法第66条、租税特別措置法第42条の3の2）。譲渡対象資産の簿価と譲渡価格の差額が課税所得となります。

消費税については、事業譲渡の場合は課税されます。事業譲渡は個々の資産の売買として取り扱われるため、課税資産（棚卸資産、固定資産、のれん等）の譲渡対価に対して消費税（10%）が課されます（消費税法第2条第1項第8号、第4条）。土地や有価証券、債権は非課税取引です。買い手は消費税を上乗せして支払う必要があるため、取引総額が膨らむ点に留意しましょう。

事業譲渡で得た売却代金は法人に入ります。経営者個人がその資金を受け取るには、役員退職慰労金や配当として支払う必要があり、そこでさらに所得税・住民税が課されるのです。つまり、法人段階と個人段階で二重に課税されるリスクがあります。

株式譲渡の税務（所得税・法人税）

株式譲渡の売り手は「株主」です。個人株主の場合と法人株主の場合で、税務上の扱いが異なります。

個人株主の場合、株式譲渡益は「譲渡所得」として申告分離課税の対象となります。税率は所得税15.315%（復興特別所得税を含む）と住民税5%の合計20.315%です（租税特別措置法第37条の10）。この税率は譲渡益の金額にかかわらず一律であるため、事業譲渡の場合と比較して税負担が軽くなるケースが多いのです。

たとえば、個人株主が1億円の譲渡益を得た場合、株式譲渡であれば約2,031万円の税額で済みます。事業譲渡の場合は、法人税段階で約3,400万円程度が課税され、さらに個人段階での課税も加わるため、手取り額に大きな差が生じることがわかるでしょう。

法人株主の場合は、株式の譲渡益が法人の所得に算入され、法人税等が課されます。この点は事業譲渡と同様です。

株式譲渡では消費税は非課税です。有価証券の譲渡は消費税法上の非課税取引に該当するためです（消費税法第6条、別表第一第2号）。

のれん（営業権）の税務処理

のれん（営業権）の取り扱いは、事業譲渡と株式譲渡で大きく異なります。この違いは、買い手にとって重要な意味を持ちます。

事業譲渡の場合、買い手が支払った金額のうち個別資産の時価を超える部分が「資産調整勘定」（税務上ののれん）として認識されます。この資産調整勘定は5年間で均等償却でき、毎年の損金に算入できます（法人税法第62条の8）。つまり、買い手にとっては節税効果があるのです。

株式譲渡の場合、買い手が支払うのは株式の取得対価であり、会計上ののれんは連結決算でのみ計上されます。税務上の損金算入が認められるのれんは発生しないため、事業譲渡のような節税効果は得られません。

この違いから、買い手の立場では事業譲渡のほうが税務メリットが大きいことになります。一方、売り手の個人株主にとっては株式譲渡のほうが税率面で有利です。売り手と買い手の税務上のメリットが相反するため、交渉の際にはこの点が論点になることも少なくありません。

メリット・デメリット比較

ここまでの内容を踏まえ、売り手と買い手それぞれの視点からメリット・デメリットを整理します。

売り手にとってのメリット・デメリット

株式譲渡のメリットとして、手続きがシンプルで短期間に完了する点が挙げられます。個人株主の場合は譲渡益に対して一律20.315%の税率が適用されるため、税負担を予測しやすいのも利点です。会社全体を一括で売却できるため、残存する負債や契約関係の処理を個別に行う手間もかかりません。

株式譲渡のデメリットは、会社に残したい資産や事業がある場合に対応しにくい点です。また、簿外債務や偶発債務が存在する場合、買い手から表明保証違反に基づく補償請求を受けるリスクがあります。

事業譲渡のメリットは、売却する事業と残す事業を自由に選べる点です。会社の一部門だけを切り出して売却し、残りの事業を継続するといった柔軟な対応が可能になります。

事業譲渡のデメリットとしては、手続きの煩雑さと時間的コストが大きい点があります。法人税の実効税率が適用されるうえ、売却代金を個人に移す際にさらに課税されるため、二重課税による手取り額の減少にも注意が必要です。

買い手にとってのメリット・デメリット

株式譲渡のメリットは、手続きが簡便で、許認可や取引先との契約をそのまま引き継げることです。事業の継続性を維持しやすく、取引先や従業員への影響も小さく済みます。

株式譲渡のデメリットは、会社の負債や偶発債務も含めてすべて引き継いでしまう点です。過去の労務問題、未払残業代、環境汚染対策費用、訴訟リスクなど、デューデリジェンスで発見できなかった債務を負うリスクが存在します。税務上ののれん償却ができないのも不利な点でしょう。

事業譲渡のメリットは、買収対象の資産・負債を選別できる点です。不要な資産や帳簿に表れていない負債を引き継がずに済むため、リスクを限定できます。税務上、のれんを5年で損金算入できるのも大きなメリットとなります。

事業譲渡のデメリットは、個別の資産移転手続きや許認可の再取得に手間がかかる点です。消費税の負担が発生することも、取引総額に影響を与えます。従業員との労働契約を改めて締結する必要があるため、承継に同意しない従業員が離職するリスクもあるのです。

どちらを選ぶべきか：判断基準

事業譲渡と株式譲渡の選択は、売り手と買い手の双方の状況によって決まります。以下に、具体的な判断基準を示します。

全事業を売却するなら株式譲渡

会社の全事業を売却して経営から完全に退く場合は、株式譲渡が第一選択肢となります。手続きがシンプルで、個人株主であれば税率も有利だからです。

特に中小企業のオーナー経営者が引退する際のM&Aでは、株式譲渡が圧倒的に多く選ばれています。煩雑な個別資産の移転手続きが不要で、取引先や従業員への影響も最小限に抑えられます。売り手にとっての実務負担が少ない点は、高齢の経営者にとって重要な考慮事項でしょう。

一部事業だけを切り出すなら事業譲渡

複数の事業を営んでいる会社が、一部の事業だけを売却したい場合は事業譲渡が適しています。たとえば、本業の飲食事業は継続しつつ、不採算の小売事業だけを第三者に譲渡するといったケースです。

株式譲渡では会社ごと売却されるため、残したい事業まで手放すことになります。事業の選別が必要な場合には、事業譲渡でなければ対応できません。ただし、会社分割と株式譲渡を組み合わせることで、特定事業だけを切り出す方法もあります。スキームの選択は専門家と相談のうえ決定するのが望ましいでしょう。

簿外債務リスクがある場合の選択

買い手の立場から見ると、売り手企業に簿外債務が存在するリスクが高い場合は事業譲渡が安全です。事業譲渡であれば、引き継ぐ資産と負債を個別に選べるため、未知の債務を遮断できます。

株式譲渡の場合、デューデリジェンスを実施しても発見できない簿外債務が存在する可能性は否定できません。表明保証条項で一定の保護は得られますが、売り手の資力によっては補償を受けられないリスクも残ります。

過去に労務トラブルを抱えていた企業、環境問題のリスクがある事業所を持つ企業、取引の透明性に疑問がある企業などの場合、買い手は事業譲渡を希望する傾向にあります。売り手としても、このような状況ではスキームの選択が交渉の早い段階で論点になることを認識しておきましょう。

許認可の引き継ぎが必要な場合

建設業、運送業、医療・介護事業など、許認可が事業の根幹をなす業種では、許認可の引き継ぎが可能かどうかが手法選択に影響します。

株式譲渡であれば、法人格がそのまま存続するため、許認可も原則としてそのまま維持されます。許認可の再取得手続きが不要であり、事業の空白期間が生じないのが利点です。

事業譲渡の場合、許認可は原則として買い手が新規に取得する必要があります。許認可の種類によっては取得に数か月を要するものもあり、その間は該当事業を営むことができません。許認可の取得に厳しい要件がある業種では、事業譲渡は現実的でない場合もあるでしょう。

ただし、許認可の種類によっては事業譲渡でも承継が認められるケースがあります。個別の法令を確認し、監督官庁に事前に確認しておくことが実務上のポイントです。

実務上の注意点

スキームの選択が決まった後も、実務面で注意すべき事項があります。特に事業譲渡を選択する場合は、従業員・取引先・競業避止義務に関する対応が重要です。

従業員への説明と同意

事業譲渡では、雇用契約は自動的に承継されません。これは民法第625条第1項の「使用者の権利の譲渡制限」に基づくものです。買い手と従業員の間で、新たに労働契約を締結する必要があります。

実務上は、事業譲渡契約において「売り手は従業員に対して買い手への転籍を勧奨する」旨を定めるのが一般的です。しかし、従業員に転籍を強制することはできません。従業員が買い手での就労を拒否した場合、その従業員は売り手企業に残ることになります。

従業員への説明のタイミングも重要です。M&Aの情報は機密性が高いため、成約前に広く開示することは避けるべきでしょう。一方で、従業員の同意がなければ事業譲渡後の事業運営に支障が出ます。通常は、基本合意の段階で幹部社員に説明し、最終契約締結後にその他の従業員に説明する流れが取られています。

株式譲渡の場合は、雇用契約がそのまま継続するため、従業員の個別同意は法律上不要です。ただし、経営者の交代は従業員にとって大きな関心事であるため、適切なタイミングでの説明が望ましいのは同様です。

取引先との契約の再締結（事業譲渡の場合）

事業譲渡では、取引先との契約関係も自動的には承継されません。売り手と取引先の間の契約を、買い手と取引先の間で新たに締結し直す作業が発生します。

主要な取引先については、事業譲渡契約の締結前に事前の了解を得ておくことが望ましいでしょう。主力の仕入先や売上先が契約の再締結に応じなければ、事業の継続に支障が出るためです。

賃貸借契約も注意を要する項目です。事業用の店舗やオフィスを賃借している場合、賃貸人の同意を得て新たな賃貸借契約を締結するか、賃借権の譲渡について合意する必要があります。賃貸人が契約の承継を拒否するケースもあるため、早めの確認が必要です。

リース契約も同様に個別の手続きが求められます。リース会社によっては、リース残債の一括精算を求められる場合もあるため、事前に条件を確認しておくことが大切になります。

競業避止義務（会社法第21条）

事業譲渡特有の論点として、競業避止義務があります。会社法第21条は、事業を譲渡した会社に対して競業避止義務を課しています。

具体的には、当事者の別段の意思表示がない限り、売り手は同一の市町村および隣接する市町村の区域内で、譲渡した事業と同一の事業を20年間行ってはならないとされています（会社法第21条第1項）。当事者間の特約で30年まで延長することも可能です（同条第2項）。

この規定は事業譲渡に固有のものであり、株式譲渡には適用されません。株式譲渡の場合に売り手（旧株主）に競業避止義務を課すには、株式譲渡契約書で別途合意する必要があります。

売り手としては、事業譲渡後に同種の事業を行う予定がある場合、競業避止義務の範囲を契約書で限定する交渉が必要でしょう。逆に買い手としては、売り手による競業のリスクを十分に防止する条項を盛り込むことが重要です。

よくある質問

事業譲渡と株式譲渡はどちらが多いですか？

中小企業のM&Aでは株式譲渡が多数派です。手続きがシンプルで、許認可や雇用契約をそのまま引き継げるためです。ただし、特定の事業部門だけを売却したい場合や簿外債務リスクを遮断したい場合は事業譲渡が選ばれます。どちらの手法が適切かは個別の事情によって異なるため、M&Aアドバイザーや顧問税理士に相談したうえで判断することを推奨します。

事業譲渡では消費税がかかりますか？

かかります。事業譲渡は個々の資産の売買として扱われるため、棚卸資産・固定資産・のれん等の課税資産に消費税が課されます（消費税法第4条）。一方、株式譲渡は有価証券の譲渡であり、消費税は非課税です（消費税法第6条、別表第一第2号）。事業譲渡の場合、消費税分だけ買い手の負担が増えるため、譲渡価格の交渉時にはこの点も考慮に入れる必要があるでしょう。

事業譲渡で従業員はどうなりますか？

事業譲渡では雇用契約は自動的に承継されません。買い手が従業員と個別に新たな労働契約を締結する必要があります。そのため、従業員への事前説明と同意取得が重要な実務ポイントとなります。従業員が転籍に同意しない場合は、売り手企業に残ることになります。労働条件の変更を伴う場合は特に慎重な対応が求められ、不利益変更に該当しないよう注意しなければなりません。

まとめ

事業譲渡と株式譲渡は、M&Aにおける代表的な手法でありながら、その法的性質は根本的に異なります。事業譲渡は「資産の売買」、株式譲渡は「会社の売買」であり、この違いが手続き、税務、メリット・デメリットのすべてに影響を及ぼしています。

中小企業のM&Aにおいては、手続きのシンプルさと税率の有利さから株式譲渡が選ばれるケースが多い傾向にあります。一方、一部事業の切り出しや簿外債務リスクの遮断が必要な場合には、事業譲渡が合理的な選択です。

どちらの手法を選ぶかは、売却の目的、対象事業の範囲、税務上の影響、許認可の取り扱いなど、複数の要素を総合的に判断して決める必要があります。自社の状況だけで判断するのは難しいため、M&A支援機関や顧問税理士など専門家の助言を受けながら進めてください。事業承継・引継ぎ支援センターでも無料の相談を受け付けており、中立的な立場からの助言を得ることができます。