補助金の会計処理と圧縮記帳｜仕訳例つき実務手順

補助金を受給できたものの、会計処理をどうすればよいかわからない。そんな経理担当者の声は少なくありません。補助金は法人税法上の益金に算入されるため、何も対策をしなければ受給年度に多額の税負担が生じる可能性があります。この課税負担を緩和する仕組みが「圧縮記帳」です。本記事では、補助金の会計処理の基本から圧縮記帳の仕訳、消費税の取扱いまで、経理実務に必要な知識を整理して解説します。

補助金の会計処理の基本

補助金を受給した場合の会計処理は、補助金の性質と使途によって異なります。基本的な考え方を押さえておきましょう。

補助金の収益計上時期

収益計上は、権利確定主義により収入すべき権利が確定した事業年度に行います。何をもって確定とするかは補助金の制度によって変わるため、交付規程を確認して判断します。

設備投資型の補助金は、交付決定 → 補助事業の実施 → 実績報告 → 額の確定 → 請求 → 入金、という順に進みます。交付決定は補助率と上限額を示すもので、この時点では受け取る金額がまだ決まっていません。この型では額の確定通知を受けた事業年度に計上し、入金が翌期になる場合は未収入金とします。

一方、雇用系の給付金は扱いが違います。法人税基本通達2-1-42は、休業手当・賃金・職業訓練費等の経費を補填するために雇用保険法等に基づき交付を受ける給付金等について、期末に金額が具体的に確定していない場合であっても、その金額を見積もって益金に算入するとしています。同通達の注書きは、雇用の改善を図ったことにより交付を受ける奨励金等は、支給決定があった日の属する事業年度の益金に算入するとしています。

基本的な仕訳

補助金を受給した場合の基本的な仕訳は次のとおりです（圧縮記帳を適用しない場合）。

権利確定時（設備投資型は額の確定通知時）：未収入金 ×××円 ／ 雑収入（補助金収入） ×××円

入金時：普通預金 ×××円 ／ 未収入金 ×××円

設備投資型では、交付決定の段階では金額が確定していないため、この仕訳は行いません。雇用系の給付金のように見積計上が求められる制度では、確定を待たずに計上します。

この処理では、補助金の全額が益金に算入され、当期の課税所得が増加します。設備投資のために補助金を受けたにもかかわらず、税金で手元資金が減少してしまうという問題が生じます。

圧縮記帳の仕組みと仕訳

圧縮記帳は、補助金で取得した固定資産の帳簿価額を圧縮（減額）することで、補助金に対する課税を繰り延べる制度です。法人税法第42条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）に規定されています。

圧縮記帳の適用要件

法人税法第42条第1項が定める要件は次のとおりです。

要件	内容
対象	固定資産の取得または改良に充てるための、国または地方公共団体の補助金・給付金その他政令で定めるこれらに準ずるもの（国庫補助金等）
返還不要の確定	その国庫補助金等の返還を要しないことが、当該事業年度終了の時までに確定していること
資産の取得等	当該事業年度終了の時までに、交付の目的に適合した固定資産を取得または改良していること
経理要件	圧縮限度額の範囲内で帳簿価額を損金経理により減額するか、圧縮限度額以下の金額を確定した決算において積立金として積み立てること
申告要件	確定申告書に圧縮額の損金算入に関する明細を記載すること

見落とされやすいのは「返還不要の確定」と「事業年度終了の時までに取得」の2つです。 どちらも期末時点で満たしている必要があり、片方でも欠けるとその事業年度では42条を使えません。なお条文は取得または改良を要件としており、事業の用に供することまでは求めていません。

補助金で購入した資産が固定資産に該当しない場合（消耗品費や広告宣伝費など）は、圧縮記帳の対象になりません。

期末までに額が確定していない場合（特別勘定）

実務で頻繁に起きるのが、補助事業は終わったが期末までに額の確定通知が届かないというケースです。この場合、42条の「返還を要しないことが確定」を満たさないため圧縮記帳は使えません。かわりに法人税法第43条が特別勘定という受け皿を用意しています。

法人税法第43条第1項は、固定資産の取得または改良に充てるための国庫補助金等の交付を受ける場合で、返還を要しないことが当該事業年度終了の時までに確定していないときに、その額に相当する金額以下の金額を確定した決算において特別勘定として経理すれば、その金額を損金に算入すると定めています。

その後、額が確定して返還不要となったときは、第44条により特別勘定を取り崩し、圧縮限度額の範囲内で帳簿価額を減額するか積立金として積み立てることで、あらためて損金算入します。返還すべきことが確定した場合は、第43条第2項により特別勘定を取り崩し、その取崩額を同条第3項により益金に算入します。

期末時点の状況	使う条文	当期の処理
額が確定し、資産も取得済み	42条	圧縮記帳（損金経理または積立金）
額が未確定（交付は受ける見込み）	43条	特別勘定を設けて損金算入
43条の特別勘定があり、後日確定した	44条	特別勘定を取り崩して圧縮記帳
43条の特別勘定があり、返還が確定した	43条2項・3項	2項で特別勘定を取り崩し、3項で益金算入

43条の適用には、確定した決算で特別勘定として経理することと、確定申告書に明細を記載することが必要です。44条で圧縮記帳するには、特別勘定の残高があること、交付目的に適合した固定資産を取得または改良していること、返還不要が確定したこと、そして42条と同じ経理要件と申告要件を満たすことが求められます。要件を満たして特別勘定を経理・申告した場合に限り、確定した年度に44条で圧縮記帳できます。

43条を知らないまま「確定通知が来ていないから何もしない」と処理すると、補助金収入だけが益金に立って課税されることがあります。 決算期末に確定通知の有無を必ず確認してください。

圧縮記帳の仕訳パターン一覧

圧縮記帳の方法には直接減額方式と積立金方式があります。中小企業では直接減額方式が多く使われますが、積立金方式は利益剰余金の内訳を明示できるため上場準備企業等で採用されることがあります。

補助金500万円で1,000万円の機械装置を取得した場合の仕訳パターンを比較します。

タイミング	仕訳内容	直接減額方式	積立金方式
交付決定時	補助金の収益計上	未収入金 500万円 ／ 雑収入 500万円	未収入金 500万円 ／ 雑収入 500万円
資産取得時	固定資産の取得	機械装置 1,000万円 ／ 普通預金 1,000万円	機械装置 1,000万円 ／ 普通預金 1,000万円
圧縮処理時	圧縮の経理（直接減額は帳簿価額を減額、積立金方式は減額しない）	固定資産圧縮損 500万円 ／ 機械装置 500万円	繰越利益剰余金 500万円 ／ 圧縮積立金 500万円
決算整理	減価償却（耐用年数10年）	減価償却費 50万円 ／ 機械装置 50万円	減価償却費 100万円 ／ 機械装置 100万円
決算整理	積立金の取崩し	（処理なし）	圧縮積立金 50万円 ／ 繰越利益剰余金 50万円

直接減額方式では、機械装置の帳簿価額が500万円に圧縮され、以後の減価償却費は圧縮後の金額をベースに計算します。積立金方式では、帳簿価額は1,000万円のまま維持し、税務上の調整を別表四・別表五で行います。

直接減額方式と積立金方式の選び方

どちらの方式を採用するかは、企業の規模・将来の上場計画・金融機関の評価方針などによって判断します。判断基準を整理しました。

判断軸	直接減額方式が向いている	積立金方式が向いている
企業規模	中小企業（実務負担を抑えたい）	中堅・上場準備企業
財務諸表上の見え方	帳簿価額が圧縮されてもよい	取得原価を維持し、減価償却費を実態に近づけたい
金融機関の評価	評価への影響を気にしない	自己資本比率や固定資産回転率の見映えを保ちたい
税務申告の手間	別表処理を減らしたい	別表四・別表五で調整できる体制がある
将来の資産売却・除却	売却益が出ても問題なし	取得原価ベースで売却損益を計算したい
監査対応	監査を受けていない	会計監査・税務調査の双方に明示しやすい形にしたい

中小企業の場合は実務負担の少なさを優先して直接減額方式を選ぶのが一般的です。一方、上場準備中の企業や金融機関に対して財務指標の透明性を保ちたい企業は、積立金方式で取得原価を維持するメリットが大きくなります。

課税の繰延べであることの理解

圧縮記帳は「課税の免除」ではなく「課税の繰延べ」です。帳簿価額が圧縮されることで、将来の減価償却費が減少し、その分だけ将来の課税所得が増加します。トータルでの税負担は変わりませんが、補助金受給年度に一度に課税される負担を平準化できるメリットがあります。

圧縮記帳あり・なしの税負担比較シミュレーション

補助金500万円で耐用年数10年・取得価額1,000万円の機械装置を購入したケースで、圧縮記帳の有無による各年度の課税所得への影響を試算します。実効税率は中小法人の標準的な水準として30%（法人税23.2%＋住民税・事業税）で計算します。

年度	圧縮記帳なし（益金算入）	圧縮記帳あり（直接減額）	差額
1年目（取得年度）	補助金益金 +500万円 ／ 減価償却費 -100万円	圧縮損 -500万円 ／ 補助金益金 +500万円 ／ 減価償却費 -50万円	-450万円
2年目〜10年目（9年）	減価償却費 -100万円／年	減価償却費 -50万円／年	+50万円／年
課税所得への累計影響	+500万円（補助金益金）－1,000万円（償却費）＝ -500万円	-500万円（圧縮損＋償却費の合計）	同額

差額の課税所得（450万円相当）に対する1年目の追加納税負担は約135万円。圧縮記帳を適用すれば、この1年目の負担が翌年度以降に9年分割で繰り延べられます。トータルの税負担は変わりませんが、設備投資直後のキャッシュフローを守りたい場合は圧縮記帳の効果が大きくなります。

なお、業績が補助金受給年度に大幅な赤字で、繰越欠損金が十分にある場合は、圧縮記帳を適用しなくても補助金収入が欠損金で吸収されるため、あえて圧縮記帳を適用しない判断もあり得ます。自社の損益見通しに応じて選択してください。

消費税の取扱いと返還リスク

補助金の会計処理では、消費税の取扱いも重要な論点です。

補助金自体の消費税区分

補助金の受給は、対価性のない取引として消費税法上の「不課税取引」に該当します。消費税の申告上、課税売上にも課税仕入にも含めません。

仕入税額控除との関係

補助対象経費に含まれる消費税は、課税事業者が本則課税により申告し、課税仕入れに該当して帳簿とインボイスの保存要件を満たす範囲で、仕入税額控除の対象になります。免税事業者、簡易課税を選択している事業者、非課税売上に対応する仕入れがある事業者では扱いが変わります。また、補助金の交付要綱によっては、仕入税額控除で還付を受けた消費税相当額の返還を求められるケースがあります。

具体的には、補助事業完了後に消費税の確定申告を行い、仕入税額控除の結果を補助金事務局に報告する義務が課されることがあります。補助対象経費のうち消費税分が控除済みであれば、その金額を返還する必要が生じます。

免税事業者や簡易課税制度を選択している事業者は仕入税額控除の計算方法が異なるため、補助金事務局の指示に従って対応してください。

実務上の留意事項

経理処理のタイミング

補助金の交付決定日、額の確定日、固定資産の取得日、入金日が異なる事業年度にまたがる場合は、処理のタイミングに注意が必要です。42条は「期末までに額が確定」と「期末までに資産を取得」の両方を求めるため、片方が翌期にずれると当期は使えません。前述の43条（特別勘定）で受けられるかを含めて、税理士に相談して処理時期を判断してください。

主な事業年度またぎパターンと、実務で採られることの多い処理を整理します。実際の判断は補助金の交付規程と自社の状況によって変わります。

パターン	交付決定	資産取得	入金	会計処理の考え方
パターン1（同年度完結）	当期	当期	当期	当期に補助金収益と圧縮記帳を一括処理
パターン2（入金が翌期）	当期	当期	翌期	当期に未収入金で収益計上、圧縮記帳も当期に適用
パターン3（資産取得が翌期）	当期	翌期	翌期	当期は前受金として処理、翌期に収益認識と圧縮記帳を行う
パターン4（資産取得が翌期で入金が当期）	当期	翌期	当期	入金分を前受金として負債計上、翌期に取り崩して収益認識
パターン5（複数年度の段階交付）	当期	当期〜翌期	段階的	取得した固定資産ごとに対応する補助金額を按分し、それぞれの取得年度で圧縮記帳

パターン3・4のように資産取得が補助金受給後にずれる場合、実務では補助金を即時に収益計上せず前受金として処理する例が多く見られます。資産取得年度に合わせて収益と圧縮記帳を計上する整理です。ただし収益計上時期は権利確定の時期で決まるため、交付規程を確認したうえで顧問税理士と処理を決めてください。

確定申告書への記載

圧縮記帳を適用する場合、法人税の確定申告書に添付するのは別表十三（一）「国庫補助金等、工事負担金及び賦課金で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」です。この様式は法人税法第42条から第44条までの適用を受ける場合に記載するもので、前述の特別勘定（43条）と、特別勘定を取り崩しての圧縮記帳（44条）も同じ様式で処理します。記載漏れがあると圧縮記帳が認められない可能性があるため、確実に添付してください。

補助金の種類による適用可否

すべての補助金が圧縮記帳の対象になるわけではありません。法人税法第42条の「国庫補助金等」に該当するかどうかは、補助金の交付元や根拠法令によって判断されます。

ここで実務上の論点になるのが間接交付です。ものづくり補助金や事業再構築補助金は、国から事業者へ直接交付されるのではなく、事務局となる団体を経由して交付されます。形式的には国からの交付ではないため、国庫補助金等に当たらないようにも読めます。

国税庁の質疑応答事例は、国が団体を通じて交付する補助金について、次の事実が確認できる場合には実質的に国からの補助金として圧縮記帳の対象になるとしています。

• 国からの補助金を財源としていること
• 補助金の交付決定に、その団体の裁量が入るものではないこと
• 国の監督の下に交付されるものであること
• 国から交付された補助金が遅滞なく対象法人に交付されるものであること

自社が受ける補助金がこの要件を満たすかは、交付要綱と根拠法令で個別に確認します。 判断に迷う場合は、所轄の税務署または税理士に確認することを推奨します。（関連記事: 補助金の税務処理まとめ）

補助金種別ごとの会計処理の比較

主な補助金・助成金について、圧縮記帳の適用可否と会計処理上のポイントを整理します。

補助金種別	交付元	圧縮記帳の適用	収益計上科目	処理上のポイント
ものづくり補助金	中小企業庁（事務局経由の間接交付）	適用可	雑収入（補助金収入）	設備投資が対象。取得資産と補助金の紐づけが必要。間接交付のため上記4要件の確認が要る
事業再構築補助金	中小企業庁（事務局経由の間接交付）	適用可	雑収入（補助金収入）	建物改修費等の固定資産取得分のみ圧縮記帳の対象
IT導入補助金（2026年は「デジタル化・AI導入補助金」に名称変更）	中小企業庁	経費部分は不可／固定資産計上分は余地あり	雑収入（補助金収入）	ソフトウェア・ハードウェア等が固定資産に計上される部分は検討対象。クラウド利用料や役務費など経費計上される部分は対象外
小規模事業者持続化補助金	商工会議所	経費部分は不可／固定資産計上分は余地あり	雑収入（補助金収入）	対象経費は広告宣伝費等が中心だが、機械装置等費のように固定資産化される支出もある。国庫補助金等該当性と42条の要件を満たせば適用余地
雇用調整助成金	厚生労働省	不可	雑収入（助成金収入）	固定資産の取得を目的としないため圧縮記帳の対象外
キャリアアップ助成金	厚生労働省	不可	雑収入（助成金収入）	人件費補填目的。受給年度に全額課税

まとめ

出典

• e-Gov法令検索「法人税法」第42条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第43条（国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入）、第44条（特別勘定を設けた場合の圧縮額の損金算入）
• 国税庁「法人税基本通達 第10章第2節 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳」10-2-1（返還が確定しているかどうかの判定）
• 国税庁「法人税基本通達 第2章第1節第7款 その他の収益等」2-1-42（休業手当等を補填する給付金等の帰属の時期。金額が未確定でも見積計上）
• 国税庁 質疑応答事例「間接交付された国又は地方公共団体の補助金で取得した固定資産の圧縮記帳の適用について」
• e-Gov法令検索「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」第15条（補助金等の額の確定等）
• 国税庁「別表十三（一）国庫補助金等、工事負担金及び賦課金で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」／「記載の仕方」（法第42条から第44条までの適用を受ける場合に記載）

（いずれも2026年8月31日に内容を確認しています。個別の税務処理は補助金の交付要綱と事案により変わるため、実務にあたっては顧問税理士にご確認ください。）

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